die Farben dürften nicht dem gewohnten Standard entsprechen 
Welchen Standard, außer Grün/Gelb, meinst du? Generell muss der Elektriker messen!
Dort wo der alte Schalter installiert war, befinden sich noch 2 andere Schalter (für zwei andere Lampen), die anscheinend keine eigene Zuleitung haben und daher die Leitung vom ersten Schalter weiterverteilt bekommen (ist das so üblich?)
Um daher die anderen 2 Schalter mit einer Leitung versorgen zu können, haben wir den dritten L Anschluss des Shellys genommen.
Hast du keine Abzweigdosen, dann wird es durchaus so gemacht Allerdings würde ich den L über eine Wagoklemme weiter schleifen, da du nicht zu wissen scheinst, was noch dran hängt.
Zunächst mal die Frage: Ist diese Verkabelung richtig? Oder sollte man lieber das eine Zuleitungskabel vor dem Shelly abzweigen?
Das muss zwingend ein Elektriker vor Ort prüfen, auch Fotos helfen da nicht weiter.
allerdings blitzen die LEDs immer wieder kurz stark auf, wenn in unserer Wohnung ein völlig unabhängiger Lichtschalter betätigt wird. Woran kann das liegen?
Können wir aus der Entfernung schlecht sagen, da wir nicht wissen, was tatsächlich wie angeklemmt wurde und wohin geht. Wie auch, wenn ihr es selbst nicht wisst? Kann sein, dass ein RC-Glied oder ein Bypass Abhilfe schafft, kann aber auch ein Fehler in der Installation sein.
Grundsätzlich gilt, dass nicht nach Farben geklemmt wird und das eine Elektrofachkraft sich durch Messen vergewissert, dass alles richtig angeklemmt wird.